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QSAR建模
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QSAR建模

QSAR建模

(定量)結(jié)構(gòu)活性關(guān)系。物質(zhì)效應(yīng)與分子描述符之間的(定量)模型關(guān)系,可根據(jù)物質(zhì)結(jié)構(gòu)定性/定量的預(yù)測(cè)物質(zhì)的理化、毒理、生態(tài)毒理和環(huán)境行為等性質(zhì)。
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(定量)結(jié)構(gòu)活性關(guān)系。物質(zhì)效應(yīng)與分子描述符之間的(定量)模型關(guān)系,可根據(jù)物質(zhì)結(jié)構(gòu)定性/定量的預(yù)測(cè)物質(zhì)的理化、毒理、生態(tài)毒理和環(huán)境行為等性質(zhì)。

(Q)SAR最開始應(yīng)用于藥物和農(nóng)藥研發(fā),近幾年,(Q)SAR開始應(yīng)用于物質(zhì)毒性預(yù)測(cè)和實(shí)驗(yàn)結(jié)果預(yù)測(cè)。

QSAR建模方法

QSAR模型的構(gòu)建通常包括如下幾個(gè)步驟:
1)明確計(jì)算的活性終點(diǎn)
QSAR預(yù)測(cè)的活性終點(diǎn)是指任何能被測(cè)量和預(yù)測(cè)的物理化學(xué)、環(huán)境行為與生態(tài)毒理學(xué)參數(shù)。活性終點(diǎn)需要明確,如試驗(yàn)周期、測(cè)試條件、物種等等。
2)收集數(shù)據(jù)
在QSAR的研究中,數(shù)據(jù)可來源于實(shí)驗(yàn),也可從文獻(xiàn)資料庫(kù)中收集或下載。高質(zhì)量的活性指標(biāo)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)是建立優(yōu)秀QSAR模型的重要基礎(chǔ)。數(shù)據(jù)的可靠與否直接關(guān)系到所建立模型的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度,因此為了確保建立的模型具有實(shí)際應(yīng)用價(jià)值,必須保證數(shù)據(jù)的可靠。此外,在一定數(shù)量的樣本基礎(chǔ)上才能建立具有統(tǒng)計(jì)意義的預(yù)測(cè)模型,因此,應(yīng)盡可能的收集文獻(xiàn)和各大數(shù)據(jù)庫(kù)中的實(shí)驗(yàn)測(cè)定值。
3)計(jì)算分子結(jié)構(gòu)描述符
分子結(jié)構(gòu)參數(shù)是對(duì)分子結(jié)構(gòu)的定量描述,能夠全面反映分子結(jié)構(gòu)的參數(shù)。常見的化合物結(jié)構(gòu)可分為理化性質(zhì)參數(shù)、結(jié)構(gòu)編碼、量子化學(xué)半經(jīng)驗(yàn)參數(shù)、三維分子場(chǎng)描述符、拓?fù)鋵W(xué)描述符等多種表達(dá)方式。
4)模型構(gòu)建算法
算法是化合物的結(jié)構(gòu)描述符與QSAR模型中的活性終點(diǎn)之間的關(guān)系。常見的算法包括一元回歸(ULR)、多元線性回歸(MLR)、主成分分析(PCA)、主成分回歸(PCR)、偏最小二乘(PLS)、人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(ANN)、K最近鄰(KNN)聚類、遺傳算法(GA)等
5)模型驗(yàn)證和評(píng)價(jià)
對(duì)建立的QSAR模型進(jìn)行性能評(píng)價(jià)。例如,通過實(shí)驗(yàn)值和預(yù)測(cè)值的相關(guān)系數(shù)R2評(píng)價(jià)模型的擬合優(yōu)度;通過交叉驗(yàn)證,評(píng)價(jià)模型的穩(wěn)定性以及內(nèi)部預(yù)測(cè)能力;通過外部驗(yàn)證集的相關(guān)系數(shù)Q2EXT和均方根誤差RMSE評(píng)價(jià)模型的預(yù)測(cè)能力。
6)模型應(yīng)用域表征
應(yīng)用域指經(jīng)確認(rèn)和驗(yàn)證,某模型所適用的化合物集合,常用的應(yīng)用域可采用描述符域、結(jié)構(gòu)域、機(jī)理域等。
7)機(jī)理解釋
機(jī)理性對(duì)于建立的QSAR模型的應(yīng)用是十分重要的。機(jī)理性不清晰的QSAR模型,不利于其應(yīng)用域的表征,也難以得到使用者的信任。因此,應(yīng)基于機(jī)理分析的方法來構(gòu)建QSAR模型。

QSAR模型構(gòu)建和應(yīng)用的OECD導(dǎo)則
為規(guī)范QSAR技術(shù)的應(yīng)用OECD于2007年發(fā)布了有關(guān)QSAR模型構(gòu)建和驗(yàn)證的導(dǎo)則,該導(dǎo)則規(guī)定用于化學(xué)品風(fēng)險(xiǎn)評(píng)價(jià)與管理的QSAR模型應(yīng)該滿足以下5個(gè)要求:
①所預(yù)測(cè)的化合物的活性需具有明確的定義;
②使用清晰明確的算法;
③ 定義模型應(yīng)用域;
④ 模型具有適當(dāng)?shù)臄M合度、穩(wěn)定性和預(yù)測(cè)能力;
⑤ 最好能夠進(jìn)行機(jī)理解釋。

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基于OECD導(dǎo)則要求,定制化構(gòu)建QSAR模型

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